La decisión del Departamento de Salubridad Pública y de la Sociedad Mexicana de Tisiología de abatir la tuberculosis en nuestro país, se concretó con la creación en 1940 del Comité Nacional de Lucha Contra la Tuberculosis, que incluyó en su programa de trabajo inmediato, la construcción de lo que sería inicialmente el Sanatorio Hospital “Dr. Manuel Gea González”, que estaría destinado a la atención de pacientes tuberculosos avanzados.

Por Decreto Presidencial publicado en el Diario Oficial de la Federación del 23 de noviembre de 1946, se creó el Sanatorio Hospital “Dr. Manuel Gea González”, con personalidad jurídica y patrimonio propios. Se inauguró el 19 de mayo de 1947 y comenzó a recibir pacientes tuberculosos el 1º de septiembre del mismo año.

Al asumir el Sanatorio Hospital que la tuberculosis pulmonar era curable, se pasó de las medidas terapéuticas de la tisiología clásica (reposo, alimentación y clima), a las medidas terapéuticas de la neumología especializada (farmacología, patogenia y cirugía), esto llevó a propugnar por la transformación del Sanatorio Hospital en un centro de investigación. Cinco años después de su creación, la institución recibió un vigoroso impulso al transformarse, por Decreto Presidencial publicado el 28 de diciembre de 1952, en el Instituto Nacional de Neumología “Dr. Manuel Gea González”, conservando su carácter de organismo público descentralizado.

El Instituto nació al terminarse la Segunda Guerra Mundial, coincidiendo con el inicio de la quimioterapia de la tuberculosis y con la exéresis pulmonar. Con estas dos medidas terapéuticas el Instituto fue incrementando sus internamientos hasta alcanzar 892 durante el año de 1957 (70% de cirugía). A partir de 1958 decrecen éstos hasta llegar a tener 401 ingresos en 1964, a pesar de que en ese tiempo el Instituto ofreció atención gratuita a enfermos indigentes.

El tratamiento de los enfermos tuberculosos fue modificándose de manera progresiva, la nueva era antibiótica permitió que el tratamiento fuera ambulatorio y transformó radicalmente el perfil epidemiológico de la tuberculosis. Se abatió de manera importante el número de pacientes hospitalizados, con la consecuente disminución del índice de ocupación de camas; esto llevó a reflexionar en la necesidad de cambiar la estructura y los objetivos de la institución y ampliar los servicios médicos para que adquirieran un carácter general.

El miércoles 26 de julio de 1972, se publicó en el Diario Oficial de la Federación el Decreto de Creación del Hospital General “Dr. Manuel Gea González” continuando con su carácter de organismo público descentralizado; es decir, con personalidad jurídica y patrimonio propios.

El decreto presidencial que actualmente le da sustento legal al Hospital, se publicó en el Diario Oficial de la Federación el 28 de agosto de 1988, donde se establece que el Hospital será administrado por una Junta de Gobierno y por la Dirección General del Hospital.